消化系统疾病的后遗症可能会对人体的自我修复机制产生一系列的影响，导致身体的自愈能力发生改变。以下是一些可能的变化：

1. 肠道菌群失衡：许多消化系统疾病，如炎症性肠病（IBD）或抗生素滥用等，可能导致肠道微生物群的平衡被打破。健康的肠道菌群有助于维持免疫系统的稳定和调节炎症反应，而失衡的菌群则可能导致这些功能受损，从而影响身体的整体自愈能力。

2. 营养吸收障碍：某些消化系统疾病可能导致胃酸分泌减少或者小肠绒毛结构受到损伤，这会影响食物中的营养物质在小肠内的有效吸收。长期的营养不均衡会削弱机体的抗炎能力和免疫系统的正常运作，进而降低身体的自愈潜力。

3. 慢性炎症状态：消化系统疾病常常伴随着慢性炎症过程，这种炎症不仅局限于消化道本身，还可能扩散到其他器官和组织。慢性炎症状态会导致全身性的低度炎症反应，消耗体内的能量储备，抑制细胞的增殖和分化，从而阻碍了机体组织的再生和修复过程。

4. 氧化应激增加：消化系统疾病引起的炎症反应往往伴随着自由基的生成增加，即所谓的氧化应激。过量的自由基可以破坏细胞膜上的脂质以及蛋白质和核酸分子，损害细胞的正常结构和功能，从而干扰了细胞更新和伤口愈合的过程。

5. 免疫系统失调：消化道是人体最大的免疫器官之一，其功能异常可能导致整个免疫系统的紊乱。消化系统疾病的患者可能会有更高风险患上自身免疫性疾病或者其他与免疫相关的疾病，这是因为他们的免疫耐受性和适应性都受到了影响。

综上所述，消化系统疾病的后遗症可能会通过多种途径影响身体的自愈能力。为了促进患者的康复，临床医生通常会采取综合治疗策略，包括饮食调整、药物干预、生活方式改善以及必要的心理支持等手段来帮助患者恢复肠道微生态平衡、增强营养吸收、减轻炎症反应以及提高免疫力，以期达到最佳的健康效果。